Ни один из этих органов не подходит для поддержания жизни растущего эмбриона, а хрупкая, пронизанная сосудами фаллопиева труба подвергается опасности разрыва. Сначала внематочная беременность не дает клинических симптомов, позволяющих отличить ее от внутриматочной, но со временем она начинает растягивать трубу и повреждать кровеносные сосуды. Функционирование плаценты и желтого тела нарушается, уровень гормонов беременности начинает падать. Децидуальная оболочка, которая больше не поддерживается здоровым желтым телом, начинает отделяться, вызывая кровотечение. Если внематочная беременность приводит к разрыву трубы или начинает разрушать стенку трубы, у женщины начинается кровотечение внутрь брюшной полости, что по опасности потери крови эквивалентно огнестрельному ранению в живот. В других случаях внематочная беременность замирает и самопроизвольно разрешается, вызывая формирование хронической гематомы, или абортируется из интерстиальной части трубы, иногда повторно имплантируясь в брюшной полости. Разрыв трубы может сначала проявляться как незначительное повреждение, но боль постепенно нарастает и кровотечение становится массивным. К счастью, современные методы диагностики позволяют обнаружить большинство внематочных беременностей до того, как произойдет разрыв.
Женщина с внематочной беременностью может не осознавать, что она беременна. Боль и кровотечение обычно возникают на 6-8 неделе беременности, но симптомы могут появиться уже на 5 неделе или (редко) позднее — на 14-16 неделе (Tulandi, 2007а). У половины женщин с внематочной беременностью не возникает никаких симптомов до разрыва трубы и не выявляются никакие известные факторы риска (Tulandi, 2007а).