В большинстве случаев кровотечение возникает из-за небольшой отслойки плаценты или субхорионической гематомы. Часто такое отделение плаценты от децидуальной оболочки матки не может быть обнаружено при ультрасонографии; но если гематома видна и есть симптомы, вероятность потери беременности увеличивается. (Наличие время от времени маленьких, бессимптомных субхорионических гематом не увеличивает риск). Самая частая причина потери беременности — хромосомные аномалии: слишком много или слишком мало хромосом, дефектные или отсутствующие гены, или отсутствие сегментов хромосом. Большинство самопроизвольных абортов происходит по причине аутосомной трисомии (три копии хромосомы), включая трисомию по 21-й хромосоме (синдром Дауна), трисо — мию по 18 хромосоме и трисомию по 13 хромосоме. Родители могут быть носителями хромосомной перестройки (обычно транслокации или инверсии), или каждый из них может быть носителем безвредной одной копии проблематичного гена, который может стать летальным в гомозиготном состоянии. С возрастом у женщин увеличивается вероятность выкидыша по причине плохого качества плодного яйца или меньшей восприимчивости эндометрия, или эндокринных нарушений. Эмбрионы, чьи отцы имеют большой процент нездоровых сперматозоидов, также реже выживают.
Выкидыш также могут вызывать токсические вещества, такие как газ для анестезии, сельскохозяйственные химикаты, кокаин, умеренное и неумеренное употребление алкоголя, курение и следующие инфекции: листерия моноцитогенная (Listeria monocytogenes), токсоплазмоз (Toxoplasma gondii), цитомегаловирус и первичный генитальный герпес.